神舟九号任务存在四个“第一次”，也是四大特点难点——

第一次实施手动交会对接

这次任务第一次实施航天员手控交会对接，首次考核飞船手动控制系统。这既对航天员操作的精准性和灵敏性提出很高要求，同时也对飞船控制系统的适应性提出了更高要求。

女航天员第一次参加飞行

首次安排女航天员执行任务，将填补我国在女航天员选拔训练、医学监督和保障以及女航天员乘员设备等方面的空白。

航天员第一次进入天宫一号驻留

神舟九号与天宫一号对接形成组合体后，航天员将通过对接通道，进入天宫一号目标飞行器的实验舱工作和生活，首次考核天宫一号支持保障航天员工作生活的能力。

第一次载人在轨飞行10天以上

这次航天员在轨飞行10天以上，是我国历次载人飞行中时间最长的一次，标志着我国载人航天由短期飞行向中长期飞行过渡。